Федор Емельяненко — уроженец украинского города Рубежное Луганской области. Он родился в 1976 году в семье Ольги Федоровны (сейчас преподаватель, обучает молодых специалистов-крановщиков в профессиональном техническом лицее) и Владимира Александровича (газоэлектросварщик) Емельяненко. Второй ребенок в семье, он жил на Украине до двух лет вместе с родителями и своей старшей сестрой Мариной. После переезда в 1978 году в Россию, г. Старый Оскол Белгородской области в семье Емельянко появились на свет еще два сына — Александр (1981 г.р.) и Иван (1988 г.р.).

Спортивное увлечение Федора борьбой началось с занятий самбо и дзюдо в секции, под руководством Василия Ивановича Гаврилова. Уже через год Федор был принят в спортивный класс, комплектовавшийся Вороновым Владимиром Михайловичем, тренером, который работает с ним и по сей день на базе ДЮСШОР имени А. Невского. Школу Федор Емельяненко окончил в 1991 году и поступил в профессиональное училище, которое в 1994 году закончил с отличием. С 1995 по 1997 г служил в рядах Российской армии, где самостоятельно продолжал заниматься спортом. В 1999 г. женился на Оксане, в этом же году в его семье родилась дочь Маша.